La metodología empleada se basó en la excavación manual con sistemas de documentación arqueológica de los rellenos y vestigios localizados. El procedimiento de excavación en profundidad se realizó mediante el establecimiento de Operaciones, Suboperaciones, Niveles y Lotes.
Las plantas y los perfiles más significativos de cada suboperación se dibujaron a escala 1:20 y se tomaron fotografías digitales de todo el proceso de excavación y de los materiales exhumados más representativos. También se tomaron cotas generales con ayuda de la estación total y el nivel láser a fin de poder relacionarlas con las del resto del levantamiento.
Como novedad metodológica aplicada a la arqueología, en 2015 se inició el levantamiento con escáner láser de todo el proceso de excavación, lo cual permitió establecer unas estrategias diarias de intervención arqueológica muy precisas y especialmente adecuadas para una excavación tan compleja como lo fue la de la subestructura 6J2-Sub2 de La Blanca.