La fauna arqueológica recuperada durante las quince temporadas de campo en que se ha desarrollado el proyecto ha sido muy diversa e incluye una nutrida muestra de mamíferos, aves, reptiles, peces y moluscos, entre los que destacan los tepezcuintles, los venados, los gasterópodos denominados jutes y otros de agua dulce, seguidos de los pecaríes, tortugas de pantano, mojarras y bagres, así como pavos, perros, tapires y pumas.
Como método de extracción y examen durante la recogida de estos restos faunísticos en campo se procedió al tamizado en seco de toda la muestra, utilizando para ello cribas de 1mm con el fin de asegurarnos la recuperación de todos los vestigios, incluidos los de la microfauna.
En cuanto a los análisis realizados en los laboratorios de la Universidad Autónoma de Madrid y la Universidad Autónoma de Yucatán, éstos incluyeron la identificación anatómica y taxonómica de los restos osteológicos de la fauna. También se registraron las marcas tafonómicas.
El estudio de algunos de estos conjuntos arqueofaunísticos ha permitido profundizar en el conocimiento de algunas de las actividades rituales y de subsistencia que tuvieron lugar en La Blanca.