A partir del año 2006 el equipo del proyecto La Blanca trasladó su residencia a la isla de Flores, emplazada en el lago Petén Itzá y cabecera departamental de Petén. En tiempos prehispánicos era conocida con el nombre de Noj Petén (isla principal) pero más adelante, en época de la colonia, fue bautizada como Tayasal (lugar de los Itzá).
Tayasal fue la última ciudad en caer en poder de la Corona española, hecho que ocurrió en el año 1697, tras una prolongada resistencia por parte de la población Itzá. A partir de entonces se mandó levantar un presidio y fortaleza en la isla, entonces bautizada con el nombre de Nuestra Señora de los Remedios san Pablo del Itzá. Uno de sus alcaides fue el capitán Pedro Montañés, quien dejó su firma en uno de los muros de La Blanca, indicando que pasó por allí el 30 de agosto de 1752.
En Flores, el proyecto mantuvo una casa-laboratorio alquilada durante varios años, y en el año 2011 pasó a ocupar parte de las instalaciones del Café arqueológico Yaxhá, estableciéndose también allí el laboratorio permanente.
Desde ahí, una parte del equipo partía cada día para llevar a cabo las actividades de campo en La Blanca y Chilonché, siempre con el deseo de regresar a tiempo para poder contemplar los espectaculares atardeceres en el lago Petén Itzá, tras las largas jornadas de trabajo. Un grupo más reducido permanecía en el laboratorio para afrontar las tareas de clasificación y análisis de los restos de cultura material, fotografiado y escaneado de piezas, y otros trabajos de gabinete. Finalmente, todo el equipo se juntaba para la hora de la cena, generalmente muy animadas, en las que se compartían todos los relatos y anécdotas del día.